望，正碰到孙策打算东渡长江，到了历阳，孙策派人送信告知周瑜，周瑜领兵前来迎接孙策。孙策十分高兴地说：“我得到了你，大事就顺利了。”于是周瑜跟随孙策前往攻打横江、当利，全都攻克。随即又渡江进击秣陵，打败笮融、薛礼，转而攻下湖孰、江乘，进军曲阿，刘繇逃走，此时孙策的军队已扩展到几万人。于是他对周瑜说：“我用这支队伍攻取吴、会两郡，平定山越，已经足够了。你还是回军镇守丹杨。”周瑜回到丹杨。
不久，袁术派自己的堂弟袁胤替代周尚为丹杨太守，于是周瑜和周尚都回到寿春。袁术打算任命周瑜为部将，周瑜分析袁术最终不会有什么大的作为。故此只请求袁术让他担任居巢县县长，目的是打算借道回到江东，袁术同意他的要求。周瑜于是经居巢回到吴郡。这年为建安三年(198)。
孙策亲自前来迎接周瑜，授任他建威中郎将，当即调拨给他二千兵卒及五十坐骑。周瑜当时二十四岁，吴郡的人都称呼他“周郎”。孙策因周瑜恩信声震庐江，便派他外出守备牛渚，后又兼职春谷县县长。不久，孙策打算攻取荆州，任命周瑜为中护军，兼任江夏太守。周瑜跟随孙策进军皖城，并攻克之。当时得到乔公两个女儿，都有倾国之色。孙策自己娶了大乔，周瑜娶了小乔。接着再进军寻阳，打败刘勋，征讨江夏，还军平定豫章、庐陵，周瑜留守巴丘。建安五年(200)，孙策去世，由孙权统领军国事务。周瑜领兵前来吊丧。于是留在吴郡，以中护军身份与长史张昭一同掌管军政大事。
建安十一年(206)，周瑜督率孙瑜等讨伐麻、保二屯，将它们的首领斩首，俘虏余众一万多人，回兵驻守宫亭。江夏太守黄祖派遣部将邓龙带领数千人马进入柴桑，周瑜追击征伐，将邓龙活捉后送往吴郡。建安十三年(208)春，孙权征讨江夏，周瑜被任为前部大督。当年九月，曹操攻入荆州，刘琮率众投降，曹操得到刘琮的水军，水、步两军发展到几十万人，东吴的将士听到这一消息都非常惊恐。孙权召集部下，征询对策。大家都议论说：“曹操乃豺虎之人，然而他借着汉丞相的名义，挟天子以征天下，动辄就说是朝廷旨意，如今要抗拒他，事情更不顺利。况且将军您所处的形势，能够抵御曹操的，就是长江天险。现在曹操占有荆州全部，加上刘表原先训练好的水军，大船战舰，乃至千数，曹操全部将它们摆开沿江直下，并兼有步兵，水陆两路一齐进发，所谓长江天险，已成为曹操与我方共有的了。而在实力上敌众我寡极为悬殊，不可相提并论。故此最好的计策不如向他投降。”周瑜说：“不对！曹操虽说名为汉相，实
