朗发兵反叛。孙策派遣永宁县县长韩晏兼任南部都尉，带兵讨伐商升，以贺齐为永宁县县长。韩晏被商升所击败，贺齐又替代韩晏兼任都尉职事。商升畏惧贺齐的威名，派人前来请求订立盟约。贺齐因此告谕商升，向他陈述祸福利害关系，商升于是送上印绶，走出府邸请求投降。叛军头领张雅、詹强等人不愿商升投降，反而一起杀死商升，张雅自称无上将军，詹强自称会稽太守。叛军人多而贺齐兵少，无力前往征讨，于是贺齐驻军休息。张雅与他的女婿何雄两人争夺权势不相和睦，贺齐便令山越人借故让他们结怨，使他们猜忌对立，各自拥兵图谋对方。贺齐于是领兵进讨，一仗就大败张雅，詹强党羽震慑恐惧，率众出来投降。候官县被平定，而建安、汉兴、南平又乱起来，贺齐进兵建安，设置都尉府。这一年为建安八年(203)。
郡府征调所属各县五千兵卒，让本县县长带领自己县内军队，统一归属贺齐调度指挥。贼寇洪明、洪进、苑御、吴免、华当等五人，率领各自部属一万户，兵营相连驻扎在汉兴，吴五的六千户人马另驻扎在大潭，邹临的六千户人马另驻扎在盖竹，共同出兵余汗。贺齐军队讨伐汉兴，经过余汗。贺齐考虑到贼兵势众而自己军队兵力弱小，深入敌境无以为继，担心为敌人所截断，于是命令松阳县县长丁蕃留守余汗。丁蕃本来与贺齐为相邻两县的县长，耻于成为贺齐所统辖的部下，便推辞不肯留守。贺齐于是斩杀丁蕃，由是全军震动，无人不敢不效命听用。于是贺齐分兵留备余汗，自己亲率大军讨伐洪明等人，连获大胜。贺齐临阵斩杀洪明，其余吴免、华当、洪进、苑御都向贺齐投降。贺齐转而进击盖竹，挺军大潭，吴五、邹临二将又降。在讨伐进击中共斩首六千名，有名的贼首全部擒获，贺齐又重整县城，选出精兵一万人，被升任为平东校尉。
建安十年(205)，贺齐转而征讨上饶，分析上饶另置建平县。
建安十三年(208)，贺齐升为威武中郎将，征讨丹阳的黟县、歙县。当时武强、叶乡、东阳、丰浦四乡已先归降，贺齐上表改置叶乡为始新县。而歙县贼寇首领金奇驻兵万户安勒山，毛甘驻兵万户乌聊山，黟县贼寇首领陈仆、祖山等驻兵二万户林历山。林历山四面峭壁耸立，高几十丈，山径危险狭隘，不能施展刀盾，贼兵居高临下推滚石块，根本无法进攻。军队驻守山下多日，将吏都很着急。贺齐亲自出行山间，观察地形路势，暗中募集行动敏捷的兵士，为他们打造铁弋，悄悄隐蔽在贼兵不防备的地方，用铁弋凿挖山壁形成可以攀缘的小径，夜里命令兵士偷偷地爬上去，又垂下很多布带让下边的人
