壹护送他一路侍候勤勉，丁宫深为感激，临分手时对他说：“我这个刺史如果跻身三公之位，一定征召你。”后来丁宫担任司徒，就征召士壹。士壹一到，丁宫已被免职，黄琬接替他为司徒，对士壹也极为礼待。董卓作乱，士壹逃归故里。交州刺史朱符被少数民族的强人所杀，州郡秩序混乱。士燮于是上表奏请任命士壹兼任合浦太守，二弟徐闻县县令士黄有兼任九真太守，士黄有弟士武，兼任南海太守。士燮性格宽厚有器量，谦虚下士，中原士人前往他处避难依附者数以百计。他专心诵研《春秋》，为它作注解。
陈国人袁徽给尚书令荀彧的信说：“交阝止士府君既学问优博，又通晓治政，处于大乱之中，保全一郡之地，二十余年疆界内没有战祸，百姓不失其业，商人行旅，都蒙受他的好处。即如窦融保全河西之地，也不能超过他！处理公务的余暇，他还研习书、传，尤其对《春秋左氏传》的研析简练精微，我曾多次就该书中的一些疑难之处向他询咨，他都能举以师说，解释甚为详密。对《尚书》他能兼通古、今文，对其中大义理解十分详备。听说京师古文经学派与今文经学派，各以为是争辩不休，他现在正打算分条论析《左氏春秋》、《尚书》的正确涵义上奏。”士燮受人称赞即是这样。士燮兄弟一起担任各郡郡守，强有力地掌管着一州之政，因偏在万里之域，故其威望尊贵至高无上。他们出入鸣钟响磬，备具威仪，笳箫鼓吹，车骑满道，常有几十位胡人夹在车马群中焚香。他们的妻妾都乘坐配有盖、帷的小车，子弟都有兵士骑马跟在身后，当时他们的尊贵显赫，震服各少数民族，以往的南越王尉他(即赵佗)也不能超过他们。士武最先因病去世。朱符死后，汉朝廷派遣张津为交州刺史，张津后来又被自己手下将领区景所杀，而荆州牧刘表派遣零陵人赖恭前往接替张津。其时苍梧太守史璜死亡，刘表又派遣吴巨去接替史王黄，与赖恭一同到达。汉朝廷听说张津已死，就赐予士燮有玺印、封号的书信说：“交州地处与中原隔绝之处，南面依江面海，朝廷之恩不能宣达，臣下之言受到塞阻，得知逆贼刘表又派赖恭窥视南土，现在以士燮为绥南中郎将，总督七郡，兼任交阝止太守照旧。”后来士燮派遣州吏张郃带着贡品前赴京都，正是天下大乱之时，道路隔绝，而士燮没有放弃进贡的职责，皇帝特意再次下诏任命他为安远将军、封爵龙度亭侯。后来吴巨与赖恭两人失和，吴巨起兵驱逐赖恭，赖恭出走逃回零陵。红潮网
建安十五年(210)，孙权派遣步骘为交州刺史。步骘到州后，士燮率领兄弟们接受节制调度。而吴巨怀有异心，
